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内科
内科由普通内科和消化内科组成。普通内科开展各系统常见病，多发病的诊疗工作，对慢性病如高血压、糖尿病、慢阻肺等的管理经验丰富，对疑难危重患者的抢救经验丰富，包括急性脑卒中、急性冠脉综合征、急慢性心力衰竭、休克、急性胰腺炎、上消化道出血等。可进行动态心电图、动态血压监测等检查。
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妇科
妇科设有普通妇科门诊、内分泌、不孕不育、宫颈疾病门诊等。拥有德国腹腔镜、宫腔镜、阴道镜、飞刀远程手术会诊系统、心电图仪、心电监护系统等先进设备。微创手术是妇科的诊疗特色，宫腔镜检查术、宫腔镜治疗术、宫腔镜切除术三方面技能，三位一体，全面发展。对不孕不育、盆腔炎、复发性流产、月经不调等常见妇科疾病采用中西医结合治疗。
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产科
产科设有普通产科门诊、高危门诊、E门诊、早孕门诊心理门诊、营养门诊等。科内配备有中央胎心监系统、远程会诊系统、骨密度检测仪、脐血流检测仪、新生儿辐射台、多功能自动化产床等仪器仪器设备，无创接生无痛分娩、导乐分娩、穴位经络按摩、水疗、非药物镇痛、自由体位分娩等。开设了家庭化产房、亲情陪产、脐带剪彩、点名一对一助产接生，点名主任及各级医生手术、择时手术，融入了月嫂服务、个体化套餐，中药泡脚满月汗蒸等多样化的服务项目满足不同产妇的需求。2020年拥有了全区仅有的2套远程手术协作互联网系统，可在手术时实时实景与市区妇幼产科专家联接，为母婴安全保驾护航。
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儿科
科室目前设有普通儿科病区和新生儿病区，配备有红外辐射抢救台、早产儿培养箱、蓝光治疗箱、新生儿负压吸引器、新生儿喉镜等，基础设备设施齐全，对儿科常见病、多发病的治疗经验丰富，尤其在处理急症如高热惊厥、呼吸困难、哮喘、水电解质紊乱、心力衰竭、呼吸衰竭等方面积累了丰富的急救经验;对新生儿缺血缺氧性脑病、新生儿败血症、新生儿脑炎、新生儿溶血、新生儿ARDS、新生儿肺炎等疾病能做到早期发现、及时治疗。
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外科
普外科是一个综合性临床科室，包括普外、肝胆脾胰、胃肠、乳腺、甲状腺、肛肠、胸外科、血管、烧伤（外科）多个专业及与之相适应的专业技术团队组成。2023年，我科成为深圳市人民医院普通外科医联体成员单位。
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骨科
骨科是我院的重点科室之一，以脊柱外科、关节外科和创伤骨科为特色。我院骨科拥有大型医疗设备10余台，包括C臂机、关节镜、骨科手术牵引床、显微外科整套器械等一系列设备。开展骨关节复杂创伤、骨折治疗、组织缺损修复、断肢断指再植、骨关节损伤、骨盆骨折、膝关节置换等治疗项目。
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眼耳鼻咽喉科
眼耳鼻咽喉科是我院的重点发展科室之一，拥有非接触式眼压计、电脑验光仪、手术显微镜、裂隙灯显微镜、视野仪、眼前节照像系统等；听力检查室、内窥镜检查室。配备有听力检查设备、中耳分析仪、纤维喉镜、鼻内镜系统、耳内镜、鼻动力系统、止血消融系统等诊疗设备。
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皮肤科
皮肤科是深圳万丰医院的重点特色科室之一，在治疗痤疮、疤痕领域有突出的技术优势，在治疗过敏性皮炎、白癜风、牛皮癣等疾病也比较擅长。深圳万丰医院皮肤科以精湛的医术、良好的医德，辅以先进的设备，为广大皮肤顽疾患者排忧解难，深得病患者们爱戴与信任。
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康复医学科
由康复门诊、住院病房、康复治疗区三个区域组成。康复医学科配备有先进的康复仪器设备，包括言语认知评估及训练系统、平衡评估及训练系统、作业疗法数字评估及训练系统。以及四肢联动训练仪、肌电图/诱发电位仪、连续关节训练器(CPM)、电动起立床、功能性电刺激设备、儿童训练器材等现代康复设施。
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体检科
于2019年新建的体检科，拥有占地面积近2000多平方米的独立工作场所，是深圳市企事业单位职工入职体检、年度体检、健康体检，具有驾驶证补换证等驾驶员体检资质、 食品及公共场所以业人员体检资质的定点单位。
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急诊科
急诊科是深圳市急救中心网络医院，现有医护司等工作人员29名，其中高级职称1人、中级职称6人、护士13人，其中主管护师 1 人，护师5人。 科室配有智能120呼入通讯设备及高级生命支持的救护车2台，每台救护车配有呼吸机、多功能监护仪、除颤仪、心电图机等专业急救设备。救护车在急救中心的调度下2分钟内及时出诊，配合院内急诊为病患提供优质高效的医疗服务。
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